由于事实劳动关系“先天不足”，所以在事实劳动关系存在期间及用人单位终止或解除事实劳动关系时都存在较大的风险。
存在事实劳动关系的双倍工资风险 职工入职，用人单位没有及时与职工签订书面劳动合同，时间超过1个月未满1年，应当依照《劳动合同法》第82条的规定向劳动者每月支付两倍的工资，并与劳动者补订书面劳动合同。另外，根据《劳动合同法实施条例》第7条规定，用人单位自用工之日起满1年未与劳动者订立书面劳动合同的，视为自用工之日起满1年的当日已经与劳动者订立无固定期限劳动合同，应当立即与劳动者补订书面劳动合同。否则，自应当订立无固定期限劳动合同之日起向劳动者每月支付两倍的工资。
终止或解除事实劳动关系的风险 有的用人单位喜欢钻所谓的“法律空子”，在劳动者入职时，往往会和劳动者口头约定几个月的试用期，一旦试用期快到了，就毫不犹豫地“以试用期内不符合录用条件”为由将职工解聘。《劳动合同法》明确规定，试用期包含在劳动合同期限内，如果双方没有签订劳动合同，又何来的试用期？劳资双方发生争议，仲裁部门或法院会认定双方已经建立事实劳动关系，而用人单位解除劳动关系的行为往往会被认定为违法辞退。
对于劳动合同期满后，劳动者仍在原用人单位工作，原用人单位未续签劳动合同而形成的事实劳动关系，最高人民法院《关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释》和劳动和社会保障部办公厅《关于对事实劳动关系解除是否应该支付经济补偿金问题的复函》中都有相关规定。对用人单位终止或解除事实劳动关系是否应当支付经济补偿金，劳动部办公厅《关于用人单位不签订劳动合同职工要求经济补偿问题的复函 》（劳办发[1996]181号）中规定：“用人单位与劳动者之间形成事实劳动关系后，用人单位故意拖延不订立劳动合同并解除与劳动者的劳动关系，劳动者因要求经济补偿与用人单位发生劳动争议后，如果劳动者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，劳动争议仲裁委员会应予受理，并依据《劳动法》第98条、《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》（劳部发[1994]481号）和《违反〈劳动法〉有关劳动合同规定的赔偿办法》（劳部发[1995]223号）的有关规定处理。”在现实案例中，由于用人单位急于终止或解除事实劳动关系，往往最后承担高额的赔偿金了事。
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